Выдающийся ученый, доктор Каин обнаружил странного робота. Он назвал свою находку Х и, досконально изучив его устройство, создал собственные копии, которые наделил разумом и свободной волей. Эти роботы получили имя "Реплоиды". Со временем реплоиды распространились по миру. Они жили вместе с людьми, помогали им, защищали и поддерживали.
Но внезапно грянула буря — некоторые реплоиды восстали против людей и развязали войну. Их стали называть "Маверики". Из реплоидов, оставшихся верными людям, был сформирован особый отряд охотников во главе с Сигмой. Некоторое время они успешно воевали с мятежниками, но затем безумие поглотило и их. Теперь осталось лишь два реплоида, которые продолжают защищать человечество — Mega Man X и охотник Zero. И судьба всего мира теперь в их руках.