Сюжет в игре следующий: молодой человек по имени Эшли Райот является бойцом специального подразделения ВРМ (Валендинские Рыцари Мира). Его отправляют на ответственное задание - во время осады особняка герцога он должен найти и взять в плен некоего Сидни, лидера религиозного культа. В погоне за ним Эшли попадет в забытый город магии Ле Монде, столкнется с полчищами противников, среди которых встретятся драконы, нежить и существа из потустороннего мира, достигнет огромных высот в искусстве сражения.
Известно, что Square очень любит различные эксперименты, иногда удачные, иногда не очень. Vagrant Story, несомненно, относится к первым, при этом сильно отличаясь от привычных нам RPG, что часто идет ей только на пользу.