Вы - безымянный солдат, разбуженный утром своим командиром. Неизвестный враг под кодовым именем Quake опустошает вашу военную базу, засылая легионы смерти через телепортационные врата, называемые «Slipgate». Вы призваны возглавить операцию по возмездию, пройдя через эти врата на территорию врага, и разгромить его в его измерениях. В финальной части игры оказывается, что Quake — это на самом деле Шуб-Ниггурат, неподвижный древний бог, который выглядит как раздутая масса плоти с шевелящимися щупальцами. Демон, похоже, оказывается неуязвимым для обычного оружия, однако главный герой в итоге находит способ уничтожить его изнутри…